Durante el gobierno del general Eloy Alfaro Delgado, fue contratada la primera misión militar chilena, presidida por el mayor Luis Cabrera Negrete. En cuanto llegó al país en diciembre de 1900, inició su tarea docente de asesoramiento, instrucción,  planificación y de análisis de reformas importantes,   las que fueron registradas en el Proyecto de la Ley Orgánica Militar, presentada en junio de 1902 y aprobada en 1905.

En aquella Ley se propuso la creación de una Dirección de Servicios Técnicos integrada por cuatro secciones. La tercera sección se refería a Informaciones y al conocimiento de la Historia militar, haciendo constar además, el personal que la integraría: un jefe, subjefe, jefe de taller de fotografía,  jefe de taller de imprenta, otro de litografía, el jefe de tipografía y el “personal de obreros, asimilados a la clase de individuos de tropa, que exijan las necesidades del servicio, calificado por el jefe del Estado Mayor General”.

De acuerdo con el general Marcos Gándara Enríquez, en un Informe de actividades del año  2002, sostiene “que el primer intento de hacer historia en el campo militar, representa la creación en 1922, de la Sociedad de Estudios  Históricos, organismo que no tuvo permanencia en el espacio, ni en el tiempo”. Sin embargo, en el mismo año, el coronel Ángel Isaac Chiriboga, funda en la ciudad de Quito, la Revista El Ejército Nacional, que publica artículos de connotados personajes civiles relacionados con temas históricos nacionales, regionales, continentales e incluso del ámbito universal. Desafortunadamente la Revista desapareció en 1932, creándose un vacío en el estudio y análisis de temas militares.

Desde la década del setenta hasta los años noventa del siglo pasado, el Comando Conjunto de las Fuerzas Armadas mantenía el Departamento de Historia y Geografía, encargado de editar los denominados Boletines Históricos, además de la Revista de las Fuerzas Armadas.

Cuando el referido Departamento evidencia un notorio debilitamiento, el  Comando del Ejército decide crear un organismo que se dedique al estudio y la difusión de la historia militar ecuatoriana

Antes de emitir la Orden de Comando correspondiente, se analizó las tres posibles denominaciones que se había propuesto: Servicio Histórico del Ejército, Centro de Investigaciones Históricas del Ejército y Centro de Estudios Históricos del Ejército, habiéndose seleccionado esta última opción.

Mediante Orden de Comando N° 910013 – SGE de junio de 1991, publicada en la Orden General N° 131 del 11 de julio de 1991, se dispone la creación del Centro de Estudios Históricos del Ejército, dependiente de la Dirección de Educación de la Fuerza Terrestre. La Orden de Comando fue firmada por el general José Gallardo Román, Comandante General del Ejército. Como Director del flamante Instituto fue nombrado el general Marcos Gándara Enríquez.

De inmediato fueron definidos y ratificados los objetivos y los orgánicos: estructural, numérico y funcional que regularían el funcionamiento normal del Centro.

Uno de los objetivos que podría resumir la filosofía y plan de acción del nuevo organismo creado, especifica textualmente: “Recuperar la Historia del Ejército, mediante la reimpresión de obras de mérito, actualmente agotadas, y  la elaboración y publicación de obras nuevas, que completen y amplíen el panorama histórico en conjunto”.

Al respecto del orgánico numérico, el Director debía ser un general en servicio pasivo, el Subdirector, un oficial superior en retiro; tres investigadores que cumplirían servicios ocasionales; una secretaria y un especialista en archivo y biblioteca; puntualizando que el Director y Subdirector debían ser historiadores o investigadores. No obstante, el orgánico fue con el transcurso del tiempo modificándose de acuerdo con las necesidades  que iban paulatinamente apareciendo.

Como la mayoría de organizaciones culturales, el Centro “partió de cero”. En las instalaciones del Instituto Geográfico Militar (I.G.M.), ocupó un reducido espacio físico para su funcionamiento. Se comenzó a formar una pequeña biblioteca, archivo y hemeroteca que luego dio vida a la denominada Biblioteca del Ejército ecuatoriano. El siguiente paso fue la preparación de ejemplares con temas históricos o la reedición de obras de importancia militar,  como aconteció en la práctica: el primer libro publicado fue “El Ejército en cien años de vida republicana”, cuya autoría corresponde al poeta cuencano Remigio Romero y Cordero.

Otros libros de prestigiosos escritores e historiadores ecuatorianos alimentaron la bibliografía de la biblioteca en formación, pero también investigadores militares  de aquel entonces, como el general Marcos Gándara Enríquez, coronel Galo Chacón Izurieta y teniente coronel Édison Macías Núñez aportaron con sus escritos e investigaciones a la plausible tarea de incrementar y difundir importantes acontecimientos de la historia militar. Posteriormente, el Ministerio de Defensa Nacional donó al Centro un lote de aproximadamente  6000 libros de diferentes temas, además de centenares de expedientes de personal de oficiales y unidades militares, legajos de registros oficiales,  periódicos y revistas del país.

Considerando que el I.G.M., ocupaba un reducido espacio para desarrollar sus actividades, el general Marcos Gándara solicitó al Comandante General del Ejército, general Telmo Sandoval, que el Cuerpo de Ingenieros o el organismo que corresponda, determine el lugar más apropiado en los terrenos del Colegio Militar en los que podría edificarse el Centro, pero estas gestiones no prosperaron por lo que fue trasladado a la Escuela Superior Militar Eloy Alfaro en Parcayacu, disposición emanada por la Dirección de Educación de la Fuerza Terrestre, mediante Telegrama N° 990079-DEFT de fecha 9 de julio de 1999.

Con el propósito de coordinar actividades programáticas con institutos compatibles con su filosofía de acción, el Centro de Estudios Históricos del Ejército planificó la realización del “Primer Encuentro de Institutos de Historia de las Fuerzas Armadas y la Policía Nacional”, evento que se desarrolló el 21 de marzo de 2002, y que tendría posterior ejecución durante los años subsiguientes, bajo responsabilidad alternada de cada instituto participante.

En el 2010, el Centro de Estudios Históricos ocupó el octavo y noveno pisos del edificio Capitolio en la calle Sodiro y 6 de Diciembre, inmediatamente después que desocupara la desaparecida Corte de Justicia Militar. A partir de agosto del 2015 se trasladó a una de las instalaciones que años atrás constituía el Campamento Militar del Batallón de Infantería Vencedores, en la avenida de La Prensa.  Fiel al concepto de su lema: “Custodio y difusor de la historia”, selecciona, acopia y conserva con celo profesional, decenas de miles de documentos de valor histórico-militar; concomitantemente, difunde a nivel nacional e internacional, variada e importante bibliografía de carácter histórico.